濾光系統
酶標儀簡單的是用濾光方式來劃分。一般來說，可以分為濾光片型和光柵型兩大類。也有一些酶標儀里面同時裝上了濾光片和光柵。但是濾片和光柵并不能同時完成同一個檢測，本質上還只是把濾片和光柵放在了一起，并沒有使兩者糅合而產生新的技術突破。
光柵型濾光系統具有使用方便，可以進行光譜掃描，靈活性等優點。當然，濾光片系統也有其顯著的優勢，例如價格較為便宜，檢測靈敏度高，帶寬的可選擇性，可以進行快速的濾光片切換，可配備有自動加樣系統，在化學發光檢測中光線的透過率高。
目前，濾光片系統應用更廣，因為它可以讓實驗者完成更多的試驗。
測定波長
一般酶標儀的測定波長在400～750nm或800nm之間，完全可以滿足ELISA的顯色測定。目前國內常見的ELISA試劑盒所使用的標記用酶均為辣根過氧化物酶(HRP)，底物通常為四甲基聯苯胺(TMB)和鄰苯二胺(OPD)，其在過氧化氫溶液的存在下，經HRP作用，分別氧化為2，2，—二氨基偶氮苯(DAB)和聯苯醌。當pH值為5．0左右時，DAB在450nm波長處有吸收，當pH值降為L 0時，吸收波長移至492 nm，同時摩爾消光系數變大，顯色加深，因而常用強酸如硫酸或鹽酸終止反應。TMB的氧化產物聯苯醌在波長450nm處有消光系數，如果HRP量少，H：O：和TMB過量時，則形成藍色的陽離子根。降低pH，即可使藍色的陽離子根轉變為黃色的聯苯醌，使用硫酸作為終止劑可使產物穩定90min。因此，450nm和492 nm兩個波長是目前ELISA測定常用的。各種酶標儀都配有放置濾光片的可自動轉換的部件，可以同時安裝6～8片濾光片，所配備的濾光片均應包括上述兩個波長，有的酶標儀以490nm濾光片替代492nm濾光片，影響不大。除了這兩個基本濾光片外，考慮到雙波長比色的需要，還應有620nm或630nm或650nm和405nm波長的濾光片，其他濾光片可根據自己的需要選擇。有時，有的實驗室希望用酶標儀作微量生化測定，故酶標儀生產廠家對其生產的酶標儀擴展了紫外檢測功能，此時需要一個340 nm波長濾光片。此時，酶標儀的測定波長范圍就成為340—750nm或800nm。
酶標儀有單波長和雙波長檢測功能。有時使用者不知在什么情況下使用單或雙波長檢測。所謂的“單波長”就是使用一種對顯色具吸收的波長即450 nm或492 nm進行比色測定；而“雙波長”則除了用對顯色具吸收的波長即450 nm或492 nm進行比色測定外，同時用對特異顯色不敏感的波長如630 nm進行測定，酶標儀打印出來的吸光度則為二者之差。630 nm波長下得到的吸光度是非特異的，來自于板孔上諸如指紋、灰塵、臟物等所致的吸收。因此，在ELISA比色測定中，使用雙波長，且不必設空白孔。
測定的吸光度范圍
通常，酶標儀的吸光度測定范圍在0～2.5之間即可以滿足ELISA的測定要求。早期的酶標儀可測定的吸光度一般在0～2.5之間，但現在基本上都做了拓寬，可達到3.5以上，并且能保持很好的精密度與線性。因此，對于酶標儀的吸光度范圍不必去刻意追求大的吸光度范圍，主要要看在一定的吸光度范圍內的線性和精密度如何。
光學系統
酶標儀的光學系統采用的是垂直光路多通道(通常為8或12通道，亦有單通道)檢測，一般為硅光管或光導纖維，除測定通道外，有的酶標儀還有一個參比通道，每次測定可進行自我校準。酶標儀的光學系統功能如何，均可通過酶標儀測定的吸光度范圍、線性度、精密度和準確度等體現出來。光學系統好的話，則上述指標也應較佳。測定的精密度與測定通道之間的均一性有直接關系。單通道可避免因通道不同所致的差異。
檢測速度
酶標儀的檢測速度是指其完成比色測定所需要的時間。檢測速度快，有利于提高檢測的精密度，即避免由于測定過程中，因測定時間不同所致的各微孔間吸光度間的差異。目前市場上常見的酶標儀檢測速度都非常快，通常在數秒鐘內。
